夫妻离婚时如果有两个孩子，抚养权怎么判？两周岁以下的孩子，法院会判决由女方直接抚养。两周岁以上的由法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。如果一方有明显不利于孩子成长的情形，则不会给予其孩子的抚养权，将两个孩子都归另一方抚养。
法律依据：
《民法典》
第一千零八十四条 父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民法典>婚姻家庭编的解释(一)》
第五十七条 父母双方协议变更子女抚养关系的，人民法院应予支持。
如果夫妻双方在离婚的时候协商将年龄小的孩子交给父亲抚养的，双方都没有异议，那么也是可以的。其实判给哪一方进行抚养都是可以的，主要是考虑孩子的成长环境，如果夫妻双方有下面的一些情况，那么会优先考虑把孩子判给他：一方做过绝育手术或者因为其他的原因导致现在没有再生育的能力;没离婚前孩子就长期跟着某一方生活，对另一方的依赖没有那么强，那么也是要优先考虑的;一方有其他的子女，而另一方是没有的。夫妻双方给孩子的成长环境差不多，但是一方的父母，也就是祖辈跟孩子的相处时间更长，也是要考虑进去的。
